Les écoles doctorales thématiques sont les entités inter-universitaires de la Communauté française de Belgique destinées à offrir et garantir une offre de formation de qualité à l'attention des chercheurs. La liste complète et actualisée des écoles doctorales accrédiées par le FNRS est disponible sur le site web du FNRS. Les écoles suivantes sont liées de près au domaine de l'ingénierie biologique, agronomique et environnementale.