Diplômes

 Parcours professionnel

2005 - Assistante à l'Université Catholique de Louvain

Doctorat en cours en génomique comparative appliquée aux Hémiascomycètes

Encadrement des travaux pratiques du cours de génétique générale (LBIR1305) et du cours d'introduction à l'analyse des systèmes (LBIR1322)

 Intérêts scientifiques et recherches en cours

Suite à l'augmentation constante du nombre de génomes séquencés, l'annotation fonctionnelle est de plus en plus automatisée. Cette automatisation est généralement basée sur l'identification de l'homologie avec des protéines de fonction connues appartenant à d'autres espèces.

L'objectif de ma thèse est d'améliorer la méthode d'inférence de l'homologie dans le but de faciliter l'annotation des gènes chez les Hémiascomycètes et de permettre l'étude de l'histoire évolutive des gènes en observant leur présence relative dans les différentes espèces de ce phylum.

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2011 Article de périodique (Journal article) Seret, Marie-Line; Baret, Philippe (2011). IONS: Identification of Orthologs by Neighborhood and Similarity-an Automated Method to Identify Orthologs in Chromosomal Regions of Common Evolutionary Ancestry and its Application to Hemiascomycetous Yeasts. In : Evolutionary bioinformatics online (2011), p. 123-33. doi: 10.4137/EBO.S7465. http://hdl.handle.net/2078.1/90444. 2010 Article de périodique (Journal article) Dias, Paulo Jorge; Seret, Marie-Line; Goffeau, André; Correia, Isabel Sá; Baret, Philippe (2010). Evolution of the 12-spanner drug : H+ antiporter DHA1 family in hemiascomycetous yeasts.. In : Omics : a journal of integrative biology (2010), p. 701-10. doi: 10.1089/omi.2010.0104. http://hdl.handle.net/2078.1/71859. 2009 Article de périodique (Journal article) Palma, Margarida; Seret, Marie-Line; Baret, Philippe (2009). Combined phylogenetic and neighbourhood analysis of the hexose transporters and glucose sensors in yeasts. In : FEMS Yeast Research (2009), p. 526-534. doi: 10.1111/j.1567-1364.2009.00511.x. http://hdl.handle.net/2078.1/35596. Souciet, Jean-Luc; Dujon, Bernard; Gaillardin, Claude; Johnston, Mark; Baret, Philippe; Seret, M.; Diffels, J.; Talla, E. et al. (2009). Comparative genomics of protoploid Saccharomycetaceae. In : Genome Research (2009), p. 1696-1709. http://hdl.handle.net/2078.1/75500. Seret, Marie-Line; Diffels, Julie; Goffeau, André; Baret, Philippe (2009). Combined phylogeny and neighborhood analysis of the evolution of the ABC transporters conferring multiple drug resistance in hemiascomycete yeasts. In : BMC genomics (2009), p. 459. doi: 10.1186/1471-2164-10-459. http://hdl.handle.net/2078.1/25844. 2006 Article de périodique (Journal article) Diffels, Julie; Seret, Marie-Line; Goffeau, André; Baret, Philippe (2006). Heavy metal transporters in Hemiascomycete yeasts. In : Biochimie (2006), p. 1639-49. doi: 10.1016/j.biochi.2006.08.008. http://hdl.handle.net/2078.1/10729.

Biographie

Diplômes

Enseignement

 Parcours professionnel

2005 - Assistante à l'Université Catholique de Louvain

Doctorat en cours en génomique comparative appliquée aux Hémiascomycètes

Encadrement des travaux pratiques du cours de génétique générale (LBIR1305) et du cours d'introduction à l'analyse des systèmes (LBIR1322)

Recherche

 Intérêts scientifiques et recherches en cours

Suite à l'augmentation constante du nombre de génomes séquencés, l'annotation fonctionnelle est de plus en plus automatisée. Cette automatisation est généralement basée sur l'identification de l'homologie avec des protéines de fonction connues appartenant à d'autres espèces.

L'objectif de ma thèse est d'améliorer la méthode d'inférence de l'homologie dans le but de faciliter l'annotation des gènes chez les Hémiascomycètes et de permettre l'étude de l'histoire évolutive des gènes en observant leur présence relative dans les différentes espèces de ce phylum.

Publications

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2011 Article de périodique (Journal article) Seret, Marie-Line; Baret, Philippe (2011). IONS: Identification of Orthologs by Neighborhood and Similarity-an Automated Method to Identify Orthologs in Chromosomal Regions of Common Evolutionary Ancestry and its Application to Hemiascomycetous Yeasts. In : Evolutionary bioinformatics online (2011), p. 123-33. doi: 10.4137/EBO.S7465. http://hdl.handle.net/2078.1/90444. 2010 Article de périodique (Journal article) Dias, Paulo Jorge; Seret, Marie-Line; Goffeau, André; Correia, Isabel Sá; Baret, Philippe (2010). Evolution of the 12-spanner drug : H+ antiporter DHA1 family in hemiascomycetous yeasts.. In : Omics : a journal of integrative biology (2010), p. 701-10. doi: 10.1089/omi.2010.0104. http://hdl.handle.net/2078.1/71859. 2009 Article de périodique (Journal article) Palma, Margarida; Seret, Marie-Line; Baret, Philippe (2009). Combined phylogenetic and neighbourhood analysis of the hexose transporters and glucose sensors in yeasts. In : FEMS Yeast Research (2009), p. 526-534. doi: 10.1111/j.1567-1364.2009.00511.x. http://hdl.handle.net/2078.1/35596. Souciet, Jean-Luc; Dujon, Bernard; Gaillardin, Claude; Johnston, Mark; Baret, Philippe; Seret, M.; Diffels, J.; Talla, E. et al. (2009). Comparative genomics of protoploid Saccharomycetaceae. In : Genome Research (2009), p. 1696-1709. http://hdl.handle.net/2078.1/75500. Seret, Marie-Line; Diffels, Julie; Goffeau, André; Baret, Philippe (2009). Combined phylogeny and neighborhood analysis of the evolution of the ABC transporters conferring multiple drug resistance in hemiascomycete yeasts. In : BMC genomics (2009), p. 459. doi: 10.1186/1471-2164-10-459. http://hdl.handle.net/2078.1/25844. 2006 Article de périodique (Journal article) Diffels, Julie; Seret, Marie-Line; Goffeau, André; Baret, Philippe (2006). Heavy metal transporters in Hemiascomycete yeasts. In : Biochimie (2006), p. 1639-49. doi: 10.1016/j.biochi.2006.08.008. http://hdl.handle.net/2078.1/10729.