SmartRoot

English version

SmartRoot est un programme semi-automatique d'analyse d'image racinaire qui permet la quantification de l'architecture et la croissance de systèmes racinaires complexes.

Le logiciel combine une représentation vectorielle des objets "racine" avec un puissant algorithme de traçage, qui s'adapte à un large éventail de type et de qualité d'images.

Le logiciel supporte une analyse basée sur l'échantillonnage des images du système racinaire, dans lequel des informations détaillées sont collectées sur un nombre limité de racines sélectionnées par l'utilisateur en fonction des besoins spécifiques du projet de recherche.

SmartRoot est un logiciel gratuit et transportable (Windows, MacOS, Linux) basé sur ImageJ utilisant des standards multi-plateforme (XML, SQL, Java) pour la communication avec des logiciels d'analyse de données.

Nous citer:

Guillaume Lobet, Loïc Pagès and Xavier Draye. A Novel Image Analysis Toolbox Enabling Quantitative Analysis of Root System Architecture. 2011 Plant Physiology, Vol. 157, pp 29-39 doi: 10.1104/pp.111.179895

Si vous rencontrez des difficultés à installer ou utiliser SmartRoot, n'hesitez pas à consulter notre FAQ ou a nous envoyer votre question à l'aide du formulaire en bas de page.

Caractéristiques

SmartRoot est :

•     Semi-automatique
•     Transportable (Windows, Mac OSX, Linux)
•     Gratuit

SmartRoot fonctionne avec :

•     Large gamme de types et qualités d'images
•     N'importe quelle espèce de plantes
•     Systèmes racinaires matures
•     Séries temporelles

Fonctions intégrées à SmartRoot:

•     Actions groupées sur de multiples racines
•     Possibilité de visualiser les données sous forme de graphiques
•     Export vers une base de données SQL

Traits mesurables:

•     Longueur racinaire
•     Diamètre racinaire
•     Angle d'insertion racinaire
•     Densité de ramification
•     Distance inter-branches
•     Croissance
•     Direction racinaire
•     etc

Pré-requis:

•     Java 1.5 ou plus
•     ImageJ
•     Au minimum 1024M de RAM

Comment installer SmartRoot

1. Téléchargez le ficher SmartRoot dans la section Téléchargement
2. Dézippez le fichier SmartRootAll.zip
3. A l'intérieur du dossier SmartRootAll, il y a un dossier SmartRoot. Copiez le.
4. Allez dans le dossier ImageJ (là ou il est installé) et copiez le dossier SmartRoot dans le dossier ImageJ > Plugins
   
5. Démarrez (ou re-démarrez) ImageJ
6. Allez dans le menu Plugins>SmartRoot et lancez SR Explorer (qui va démarrer SmartRoot)

Si vous avez le moindre problème pour installer ou démarrer SmartRoot, n'hésitez pas à nous contacter via le formulaire en bas de page.

Téléchargement

• How to install.pdf: Quick Start Guide
   
• SmartRootSetup.zip: Installation complète. Contient:
  • Fichier jar SmartRoot
    • Smart_Root.jar
    • Image_Explorer.jar
    • mysql-connector-java-5.1.7-bin.jar
    • jfreechart-1.0.13.jar
    • jcommon-1.0.16.jar
  • Quick Start Guide
  • User Manual
  • Tutoriel
     
• SmartRootUpdate.zip: Juste les fichier mis à jours, à savoir:
  • Fichier Smart_Root.jar 
  • User Manual