La responsabilisation des étudiants dans leur formation fait partie de la tradition de la FOPES. Le fait de privilégier un public constitué d'acteurs de changement pousse à la réflexion et au développement d'expérimentations sur le plan pédagogique. Celles-ci concernent toutes les étapes du processus de formation: procédure d'admission, élaboration de contrats pédagogiques, techniques d'évaluation, accompagnement des mémoires. L'articulation entre le travail individuel et collectif est constamment opérée à travers des dispositifs qui mobilisent l'ensemble des intervenants :

• Les professeurs qui proposent un enseignement inspiré par la recherche ou par leur implication dans des lieux stratégiques où les politiques économiques et sociales sont discutées ou élaborées;
• Les conseillers à la formation qui organisent les séminaires et ateliers et qui encadrent les sous-groupes, favorisent les échanges et une approche collective dans la vision et l'analyse des questions étudiées;
• Le service matériau pédagogique qui contribue à la recherche documentaire et la publication d'ouvrages et de dossiers.

En outre, la FOPES organise des séminaires pédagogiques pour les enseignants, des rencontres de coordinateurs, des réunions de travail des conseillers à la formation. Ce sont autant de dispositifs favorisant les échanges et les réflexions concernant la mise en oeuvre de la pédagogie collective.