L'Institut de recherche interdisciplinaire Saint-Louis regroupe 20 réseaux et centres de recherche :
- Le Center for Applied Economics (CAPE)
- Le Centre d'anthropologie, sociologie et psychologie : études et recherches (CASPER)
- Le Centre belge d’études bourguignonnes 1400-1600 (CBEB)
- Le Centre d'étude du droit de l'environnement (CEDRE)
- Le Centre de droit privé (CePri)
- Le Centre de recherche en économie (CEREC)
- Le Centre de recherches et d'interventions sociologiques (CESIR)
- Le Centre interdisciplinaire de recherches en droit constitutionnel et administratif (CIRC)
- Le Centre de recherche en science politique (CReSPo)
- Le Centre de recherches en histoire du droit, des institutions et de la société (CRHIDI)
- Le Centre Prospéro - Langage, image et connaissance
- Engage - Research Center for Publicness in Contemporary Communication
- L’École des sciences philosophiques et religieuses (ESPR)
- Le Groupe de recherche en matière pénale et criminelle (GREPEC)
- L’Institut d’études européennes Saint-Louis (IEE)
- L’Institut de recherches interdisciplinaires sur Bruxelles (IRIB)
- Le Réseau Interdisciplinarité et Société (RIS)
- Le Séminaire des sciences du langage (SeSLa)
- Le Séminaire interdisciplinaire d'études juridiques (SIEJ)
- TranSphères, centre de recherche en traduction et interprétation